1938年7月，中共晋冀豫区太岳工委奉命改称太岳特委，安子文任特委书记；1938年8月至1940年1月任中共晋冀豫区委委员兼统战部部长。1939年1月，中共晋冀豫区太岳特委改称太岳地委，安子文任地委书记，他主持地委召开党的活动分子会议，传达和贯彻中共六届六中全会精神，扩大抗日民族统一战线，独立自主地组织人民抗日武装，使全区党组织遵循党的正确路线，更加巩固和健康地发展。

1939年7月，日军集中重兵对太岳和太行根据地进行第二次“九路围攻”，安子文率领太岳地委和决死一纵队领导机关由沁县转移到沁源，沁源从此成了太岳抗日根据地中心。1939年下半年，国民党顽固派掀起的反共投降逆流愈演愈烈，山西局势更加紧张。安子文于11月间主持召开了太岳地区中共代表大会，会议要求各地中共党组织“发动广泛持久的反投降运动”，坚决反对和彻底粉碎反共投降逆流。阎锡山发动“十二月事变”时，尽管太岳区境内也有一些反共顽固分子蠢蠢欲动，但抗日政权和抗日军队始终掌握在中共手中。

1940年1月，八路军总部和一二九师师部派遣陈赓率领八路军三八六旅开进太岳区，太岳地委升格为太岳区党委，安子文任书记至1943年1月。区党委按照中共中央指示，在全区范围内进行了第一次整党运动，清除了一批混进党内的投机分子，处理了一些犯有严重错误的党员，纯洁了党的组织，使全党同志受到了一次极深刻的马克思主义教育。安子文将沁源县绵上村民兵药彦明空手杀敌夺枪的英雄事迹作为典型，广为宣传，并召开群众大会奖给药彦明一支手枪，号召大家像药彦明那样“拼死命、换活命”英勇斗争，克敌制胜。药彦明这面群众武装斗争的旗帜，鼓舞了太岳区的广大群众，一批又一批的青年自动报名当民兵，他们以石雷和刀矛土枪为武器，为保卫家乡、保卫根据地勇敢杀敌。

1941年至1942年，因水旱灾害严重，太岳区进入了一个非常困难的时期，安子文与陈赓等在群众中大力提倡生产救灾和互助互济，领导全区人民，用实行减租减息、建立“三三制”政权、优待军烈属以及精兵简政和节衣缩食的措施来渡过难关。安子文与高扬文深入沁县等游击区村庄进行调查研究，从实际出发，提出了在敌占区和游击区采取符合当时敌我斗争形势的“两面政权”的策略，“拖延中有‘维持’，‘维持’中有拖延”，虚与周旋，一旦时机成熟，就立刻拔除日军据点。安子文提出的这些既有原则性又有灵活性的对敌斗争策略，易于群众接受，实行后大见成效，得到中共中央北方局领导的赞赏，刘少奇赴延安途经太岳区时听取汇报后明确指出：“这种两面政策，实际上就是使用合法的形式向敌人进行斗争。合法斗争即两面政策，两个术语的含义是相同的。”

从1942年开始，太岳区根据中共中央统一部署进行整风运动。安子文根据毛泽东的整风报告和太岳区党内的实际情况，于4月27日在《太岳日报》上发表了《改造我们的作风》一文，列举“三风”在太岳区的种种表现，批评了一些同志对整风运动存在的模糊认识，号召广大党员和干部对整风文件要“细嚼烂咽，化为血肉，并与检查自己各方面的工作结成一气，真正地掌握这个改造工作、改造自己的武器”；7月，安子文主持太岳区党委制订了整风运动计划，并在各系统的各级干部中进行思想动员；从8月开始，整风运动就在全区范围普遍开展。

1942年10月，日军分兵七路“扫荡”太岳区，占领沁源县城，扬言建立“山岳剿共实验区”。我军在分析了敌我力量对比后决定采取“围困战”的战术，断其路、绝其粮，强迫日军撤走。于是在沁源县成立围困指挥部，以八路军蔡爱卿团参谋长李懋之为总指挥，沁源县委书记刘开基为政委，将沁源县城和“二沁”（沁县—沁源）大道两旁二十三个村镇居民疏散到群山之中，造成一个长约百里、横宽十里的困敌区。日军在沁源被八万军民围困了两年半后，于1945年4月从沁源撤走，史称“沁源围困战”。

从1925年到1936年，安子文一直在白色恐怖下从事党的秘密工作，出生入死，历尽艰险，出色地完成了许多重要任务。这十二年当中，他曾四次被捕，始终保持了共产党人的革命气节。他在长期的秘密工作和监狱斗争中，锻炼成为有胆有识的、比较成熟的革命家。

抗日战争全面爆发后，安子文撤离北平，参加北方局组织部的领导工作，先后任晋冀豫区党委统战部部长、太岳区党委书记，参与创建了太岳抗日根据地。

1943年5月，安子文到延安，担任中央党校二部副主任，后出任中央党校教育长，整风期间，贯彻执行党中央关于整风运动的正确方针，抵制抢救运动的错误。1945年，中国共产党在延安召开第七次全国代表大会，安子文是正式代表。

1945年10月起，安子文任中共中央组织部副部长兼干部处处长，主持中央组织部的日常工作。1947年7月任中共中央工作委员会秘书长，随同刘少奇和朱德等中央工委领导人从陕北到河北省平山县西北坡，参与筹备召开全国土地会议。1949年3月列席中共七届二中全会，9月作为中共代表团成员出席中国人民政治协商会议第一届全体会议。中华人民共和国成立后，任中共中央组织部常务副部长。

新中国成立初期，党的干部工作任务十分繁重，安子文为抗美援朝和国家建设充实了大批干部，花费很大精力在党内组织中消除消极和不健康现象，为全面增强和巩固党的团结不遗余力，严肃负责地审视各项组织工作，为大幅度提高干部素质废寝忘食。

1956年1月，中共中央召开知识分子会议后，安子文非常重视在知识分子中发展党员，很多知名科学家、教授、工程师、医师和文艺工作者，如李四光、钱学森、梅兰芳、程砚秋等就在这一时期入党的。

1956年，安子文在党的八大上当选为中央委员。同年11月，由毛泽东主席亲自提名，经党中央决定，安子文担任中央组织部部长。至1966年8月，安子文一直在中央组织部工作了二十一年，为不同时期党的建设作出了重要贡献。在此期间，安子文还兼任了许多重要工作：1947年3月至1948年5月，兼任中央工作委员会秘书长，协助工委书记刘少奇、副书记朱德工作；1949年11月至1953年春，兼任中央纪律检查委员会副书记，协助书记朱德工作；1950年兼任中央人民政府人事部部长；1951年12月至1953年8月，先后兼任中央直属党政军机关总党委第二书记（首任第一书记为周恩来），后任第一书记。

安子文在第一次全国组织工作会议上发言。

1958年，他陪同董必武参加了德国统一社会党、捷克斯洛伐克共产党的代表大会，并出访了苏联。1959年至1962年，国民经济发生严重困难，安子文积极指导企业整风，对纠正“左”的错误和克服国家国民经济的困难，起到了重要作用。为了深入了解和掌握基层工作实际情况，安子文于1964年至1966年春到山西、河北农村蹲点，与当地群众同吃同住同劳动，深受农民群众欢迎，与他们结下了深厚的友谊。

安子文在担任中组部部长期间，不仅要求部里的干部要熟悉干部情况，而且身体力行，经常通过各种途径，利用各种机会广泛地接触干部，还主动上门去找干部谈心谈话。在调配干部中，他充分考虑各方面关系和各个干部的特点。有一次，周总理要求安子文推荐一个干部担任一项重要职务，安子文一口气说出了二十多个干部的名字，并做了简要介绍。当周总理考虑确定了其中一个人后，安子文又进一步提供了这个人的情况。对安子文能够如此熟悉为数众多的干部情况，毛主席、周总理和刘少奇都非常赞赏。

1966年8月至1978年12月，安子文遭受不公正待遇，离开组织工作岗位长达十二年。

1978年12月11日，党的十一届三中全会以后，党中央予以彻底平反，安子文从安徽淮南回到北京，结束了长达十二年的监禁流放岁月，并被党中央任命为中央党校副校长，同时还任全国人大常委会法制委员会副主任。在党的十一届四中全会上，安子文被补选为中央委员。他还是第五届全国人民代表大会代表，第一届全国政协委员，第二、第三、第四届全国政协常务委员。

在他生命的最后十八个月，萦绕在他心中的不是个人荣辱，而是内心深深的不安——自己为党少工作了十二年。为此，他怀着极大的热情，以只争朝夕的劲头，投入新时期党建工作上来，呕心沥血，鞠躬尽瘁，谱写了一位老共产党员博大壮丽的华彩篇章！

安子文在生命的最后时光、病榻之上，念念不忘的是“把我们的党建设好”。去世前十天，他还向前来医院看望他的彭真同志说：“要教育干部，多做实事，少说空话；要加强对高级干部的管理、教育和监督。”肺腑之言，拳拳之心。安子文晚年对党建工作的思考愈加深刻，特别是对新时期干部的培养、管理、使用，提出了许多宝贵建议。这些严肃认真的思索，至今还有着积极的现实意义。

1980年6月25日，安子文病逝于北京。7月12日，党中央在北京隆重举行追悼大会，由彭真主持，中共中央总书记胡耀邦致悼词。追悼会后，按照本人的意愿把骨灰撒到秦晋之间的黄河里。

斯人远去，风范长存；青史丹心，光耀后人。